Êtres humains et microbes entretiennent une relation permanente et à double tranchant. Dans la flore intestinale ils se complètent et dans certains cas ces microorganismes provoquent des maladies infectieuses chez l’homme.
L’histoire de cette interaction se déclinera en 2 volets :
• L’un portant sur la paléomicrobiologie afin de voir comment l’étude de l’ADN microbien provenant des fossiles et le séquençage des pathogènes anciens a permis de reconstituer et mieux comprendre les épidémies anciennes.
• L’autres analysera, sur l’étude de populations actuelles, comment l’homme s’est adapté biologiquement et génétiquement à la présence des pathogènes.
Volet « Paléomicrobiologie : pathogènes des populations du passé en Corse »
L’objectif de ce projet, porté par Philippe Biagini (PhD, HDR, DR EFS), est d’explorer des pathologies infectieuses qui ont pu s’implanter au cours des siècles en Corse, comme les pathologies zoonotiques (brucellose, tuberculose), endémiques (paludisme) et épidémiques (variole), de même que les infections chroniques (lèpre, tréponématoses) qui ont pu être transmises par contacts fréquents avec le reste des populations méditerranéennes. Ce projet est intégré dans une approche plus globale sur la santé des populations corses à travers le temps mais dont les interactions homme-pathogènes n’ont été que peu exploitées malgré l’existence de collections ostéoarchéologiques récentes (os, dents) disponibles. Ainsi, des investigations paléoépidémiologiques, via des approches combinées en paléopathologie macroscopique et en paléomicrobiologie, couplées à des recherches archivistiques, sont susceptibles d'apporter des données d’une grande richesse sur les modes de vie insulaires et sur les dynamiques épidémiques anciennes. En raison des interactions anciennes entre îles et localisations continentales proches, des séries provenant de territoires méditerranéens voisins tels que la Sardaigne, la
Sicile, l’Italie continentale, ou encore la France provençale seront également investiguées par une approche intégrative similaire.
Au sein de l’unité, ce projet s’appuie sur une collaboration inter-équipe (équipe BONES) forte depuis une quinzaine d’années avec des interactions entre spécialistes paléo pathologistes, archéologues, historiens, anthropologues et biologistes moléculaires/microbiologistes.
Par ailleurs, ce travail bénéficie de collaborations extérieures et notamment avec l’Université de Corse (UMR 6134 SPE et UMR 6240 LISA), l'Institut National de Recherches Préventives en Archéologie (INRAP) et la Direction Régionale des Affaires Culturelles (DRAC) et le Service Régional de l’Archéologie (SRA) de la Corse, avec implantation d’un nouveau laboratoire dédié et transfert de notre expertise/encadrement au sein de l’Université de Corse.
Volet « Base de l’adaptation génétique de l’homme aux pathogènes » : Projet ANR « PATHO-NAT » approche génomique pour disséquer les interactions Homme-pathogène dans la forêt amazonienne
Ce projet porté en interne par Andrés Ruiz Linares (PhD, MD, PU), en collaboration avec Lluis Quintana Murci (Institut Pasteur), repose sur le constat que les différences actuelles des populations humaines dans les réponses immunitaires sont, au moins en partie, le produit de la sélection naturelle par des agents pathogènes sévères (bactéries, parasites, virus). Entamées en Afrique, ces interactions Homme/pathogènes se sont poursuivies avec des agents endémiques mortels au cours de l’expansion des populations humaines à travers le monde.
Les forêts tropicales humides sont parmi les environnements les plus difficiles pour la vie humaine, avec l’une des charges pathogènes les plus élevées au monde, entrainant d’une part, une mortalité élevée et en contrepartie, une adaptation biologique. En outre, les changements récents dans l’habitat tropical ont aussi affecté la variation épigénétique (c’est-à-dire la méthylation de l’ADN) liée aux fonctions immunitaires. Néanmoins, on sait peu de choses sur les mécanismes biologiques sous-jacents aux différences observées dans les réponses immunitaires des populations tropicales. Encore plus critique est la sous-représentation des populations amérindiennes d’Amazonie dans les études génétiques sur la variation de la réponse immunitaire. Enfin l’Amazonie est un écosystème qui peut fournir de nouvelles informations sur les mécanismes d’adaptation aux agents infectieux, car certains groupes amazoniens ont récemment adopté un mode de vie urbain, ce qui permet une comparaison épigénétique des réponses immunitaires entre communautés d’environnements distincts.
Ainsi, le projet PATHO-NAT vise à délimiter les facteurs génétiques et épigénétiques à l’origine de la variation immunitaire dans les communautés amazoniennes à travers deux interfaces hôte- environnement : la forêt tropicale et l’environnement urbain. Ce projet apportera de nouvelles données et connaissances sur deux questions fondamentales liées aux interactions hôte-microbe : comment les humains se sont adaptés aux agents pathogènes au fil du temps et quels mécanismes ont contribué aux différences de population dans les réponses immunitaires.